《恶魔的谜语》故事舞台设定在一个名为“10年黑组”的全住宿制女子高中的班级,这个为了请一个长假,就要去杀一个镇守大将,这似乎有点违背自己做人的良知,但陈源已经无法回头了,他必须要请这个长假,否则他就要坐等自己从风系帝级的宝座上跌下去,届时,不仅他,他的父母和弟弟也未必能逃过仇人的毒手。班级里的12名学生都是由暗杀者构成的,她们全都瞄准了她们的同学——一之濑晴的姓命。即使她的姓命被众多人觊觎,一之濑晴依然发誓一定要活着毕业。另一方面,同样也是准备夺取一之濑晴姓命的暗杀者——转校生东兔角却在一次次接近对方时,渐渐地被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时,兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。